Missionshuset ledes af en bestyrelse på syv personer, som vælges på den årlige generalforsamling. Bestyrelsen har det overordnede ansvar for huset, foreningen, økonomien, den åndelige linje, og over for Indre Mission i Danmark. Herudover er bestyrelsen bindeleddet mellem de forskellige arbejdsgrene og udvalg som der er mange af for at drive huset og de forskellige fælelsskaber.